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C'est au port de pêche que naît le club des Merlus. En 1925, Madame cuissard, patronne d'un magasin de marée d'origine stéphanoise donne naissance à la Marée sportive, embryon de ce qui deviendra un an plus tard le F.C. Lorientais. La Marée sportive mobilise très vite sur les quais, les amateurs zélés du ballon qui rêvent d'en découdre avec les autres équipes " corpo " du moment, Charbon sports, Gargantua sports. Face au succès de cette nouvelle structure sportive, les dirigeants font passer la Marée sportive du statut d'équipe " corpo " à celui de club amateur le 2 avril 1926 et créent le Football Club Lorientais.
Désormais les Merlus peuvent participer au championnat de 3ème catégorie. Ils s'imposent rapidement dans les compétitions régionales. Champions de l'Ouest de 1ère catégorie dès 1929, il obtiennent le titre en division d'honneur en 1932 puis en 1936. La guerre éclate et stoppe l'ascension fulgurante d'une équipe dont le capital de sympathie ne cesse de croître. Peu propice à l'organisation des compétitions, la mobilisation et le bombardement systématique de la ville par les forces alliés à partir de 1943 disséminent les membres d'une équipe épisodiquement recomposée à 50 km de Lorient, dans les terres.
La Guerre terminée, Antoine Cuissard, joueur de l'A.S Saint Etienne, fidèle à l'héritage légué par sa grand mère, revient à Lorient aider le F.C.L à redémarrer. Jouant alors en DH, il conservera sa place en équipe de France A, cas unique encore à ce jour. Sa cohésion recouvrée, le club, derrière son équipe, continue à gravir les échelons de la hiérarchie pour atteindre en 1948, pour la première fois, le championnat de France Amateur ( CFA équivalent de la CN1 ). Il y restera deux et n'y reviendra qu'en 1957. Les besoins financiers du club en pleine éclosion mobilisent alors les sponsors locaux, relayés par les kermesse et bals costumés en tout genre.
C'est en 1967 que Messieurs Tomine et Fougères, dirigeants du F.C.L, prennent l'initiative de créer une section professionnelle dont Messieurs Ducassou et Ruello acceptent de prendre la direction. Pendant dix ans, sans véritablement briller, le club se maintient en DII. Après avoir raté l'accession de peu en 1976, le F.C Lorient connaît une année noire en 1977 (malgré une qualification en quart de finale en Coupe de France) et c'est la descente en DIII, accompagnée d'un premier dépôt de bilan.
Période mouvementée sur le plan sportif : En cinq ans le F.C.Lorient chute de la DII à la DSR, puis avec l'arrivée de Georges Guénoum à la présidence, le club regrimpera les échelons à la même vitesse. Ayant retrouvé la DII en 1985 le club n'en est pas pour autant stabilisé et jusqu'en 1995 fera la navette entre DII et la DIII. En 17 ans le club lorientais n'aura donc qu'une seule fois joué deux saisons de suite au même échelon (79 - 81 en DH) sans doute un record de France.
Le retour en DII en 1995 marque le début d'une période plus calme sportivement parlant avec, pour la première fois dans l'histoire du club une montée en DI en 1998. Le Graal, tant convoité, est atteint. Mais le F.C. Lorient , incapable de rivaliser face aux grosses " écuries " plus solides sur le plan sportif et financier, retrouve la DII l'année suivante. Les problèmes de recrutement et gestion financière assombrissent à nouveau l'avenir du club, C'est dans ce contexte peu propice au succès que, porté à bout de bras par C. Gourcuff et son staff, l'équipe accède avec panache, pour la deuxième fois de son histoire, à la DI en 2001.
Les problèmes internes se dissipent après le rachat du club par A. Le Roch et le pôle d'investisseurs Lorientais en avril 2001. La nouvelle équipe dirigeante s'active et savoure les premiers succès d'un groupe qui crée l'exploit en battant Guingamp à domicile (6-2). On se met alors à rêver d'un parcours aisé dans la cours des grands. Cruelle désillusion, cette victoire à double tranchant marque le début d' une série de plus de six matches sans point. Le départ de LuLu Le Pen, alors meilleur passeur du championnat, entame un peu plus les chances de succès. Cette longue série noire dont l'épilogue provoquera le départ d'A. Marcos prend fin au mois de décembre 2002. Renforcé par l'arrivée de nouveaux joueurs à l'inter saison, P. Delhommeau, M. Saib, M. Diop, R. Martini, J. Cavalli, le groupe mené par Yvon Pouliquen, en remplacement d'A. Marcos, retrouve un nouvel élan. Les matches de coupes redonnent confiance au groupe.
A l'orée de la saison 2004 / 2005, le FC LORIENT débute donc son troisième exercice consécutif en Ligue 2 sous le signe de la "transition". Avec un budget et des objectifs revus à la baisse, le club poursuit avec plus d'intensité la politique initiée à la fin de l'exercice précédent : intégrer les jeunes issus du Centre de Formation dans le groupe professionnel. C'est ainsi que Jérémy MOREL, Virgile RESET, André-Pierre GIGNAC, Diego YESSO apparaissent au grand jour. Les objectifs de la saison sont alors clairement définis : se maintenir et préparer l'avenir. Malgré la percussion de Baky KONÉ, meilleur buteur de la saison avec 24buts, les Lorientais assurent leur maintien qu'à la 34ème journée.
En ne descendant jamais en dessous de la cinquième place, tout au long des 38 journées de championnat, les Merlus réalisent une saison particulièrement pleine et intense avec au bout de leurs efforts une montée amplement méritée et pourtant « arrachée » dans les dernières minutes de la dernière journée !
2006 - 2007 - Maintien historique en Ligue 1
Lors de la première journée de championnat, le FCL crée la sensation en allant battre le Paris-Saint-Germain 3 buts à 2 au Parc des Princes. Quelques semaines plus tard, les hommes de GOURCUFF récidivent en écrasant le FC Nantes 3 buts à 1 grâce à un triplé d’André-Pierre GIGNAC. Au soir d’une victoire contre l’OM, Lorient obtient son maintien et rêve même d’une improbable qualification européenne. 14ème à l’issue du championnat, le club réussit son pari et obtient pour la première fois de son histoire le maintien dans l’élite du football français.
Pour leur deuxième saison consécutive en Ligue 1, Christian Gourcuff et ses hommes entament en trombe le championnat, accrochant même la 1ère place du classement après un mois d'août exceptionnel (victoire contre Monaco, Paris et Lyon). Malgré une période creuse avant l'hiver, les Merlus se ressaisissent en fin de saison et accroche le meilleur classement de l'histoire du club : 10ème de la Ligue 1. Encore une fois, le FC Lorient est élu champion du Fair-Play. Rafik Saïfi termine 7ème meilleur buteur du championnat avec 14 réalisations.


| Equipe | Pts | Diff. | |
| 5 | Lyon | 51 | 17 |
| 6 | Marseille | 50 | 19 |
| 7 | Lorient | 43 | 11 |
| 8 | Rennes | 43 | 11 |
| 9 | Monaco | 43 | -1 |